室町時代後期の天文11年（1542）、薩摩国白沢津さつまのくにしらさわつ（現在の鹿児島県枕崎市白沢西町）出身の 島津薩摩守頼忠しまづさつまのかみよりただが 甲山城主上原元祐こうざんじょうしゅうえはらもとすけを頼り、出家して 康雲こううんと名乗り、天台宗の寺院として正満寺を開基しました。 慶長13年（1608）、 3世念尊さんせいねんそんは 本願寺12代准如御門主より木仏免許下附賜り、浄土真宗本願寺派の寺院となりました。

その後、江戸時代中期以降は学僧を多数輩出しています。
天明8年（1788）〜寛政3年（1791）までは 大瀛だいえいが住職を勤めています。 嘉永4年（1851）には 12世惠海じゅうにせいえかいが 本願寺派勧学ほんがんじはかんがく（本願寺派の学階）を拝命し、「学心館」という寮を開きました。 門弟もんていには護命ごみょう、義海ぎかい、福間浄観ふくまじょうかん、足利義山あしかがぎざんらが学びました。 その間、度重なる火災による建屋の焼失、飢饉や一揆、住職後継問題など様々な困難に直面しました。 しかし、それぞれの時代の地域や門信徒の皆様お力添えに支えていただき、いまに至ります。